- Doskonalenie biotechnik kontrolowanego rozrodu, chowu i hodowli cennych gatunków ryb, głównie karpiokształtnych, w tym gatunków ginących i zagrożonych.
- Wprowadzanie nowych gatunków ryb do akwakultury.
- Opracowywanie i doskonalenie metod czynnej ochrony zagrożonych gatunków ryb.
- Optymalizacja metod żywienia młodocianych ryb karpiokształtnych w systemach recyrkulacyjnych (RAS).
- Wdrażanie i upowszechnianie postępu naukowo-technicznego w dziedzinie akwakultury ryb karpiokształtnych.
- Szacowanie zmienności genetycznej ryb gatunków zagrożonych wyginięciem jako elementu ich aktywnej ochrony oraz gatunków będących ważnymi elementami polskiej akwakultury.
- Zastosowanie narzędzi bioinformatycznych w zarządzaniu zmiennością generyczną stad ryb.
- Doradztwo, wykonywanie ekspertyz i opinii z dziedziny szeroko rozumianego rybactwa stawowego i akwakultury ryb karpiokształtnych.
- Testowanie przydatności pasz przemysłowych dla podchowywanych w warunkach kontrolowanych larw i stadiów młodocianych ryb karpiokształtnych.
- Wychów materiału badawczego ryb karpiokształtnych o określonym wieku, wielkości i historii termicznej oraz żywieniowej.
- Produkcja i sprzedaż materiału zarybieniowego ryb karpiokształtnych.
2025: Zadanie nr 2 w ramach dotacji celowej nr RYB.rs.070.4.2025 pt. „Oszacowanie zmienności genetycznej certy (Vimba vimba) pochodzącej z różnych lokalizacji w dorzeczach Wisły i Odry” (kierownik: dr hab. inż. Dariusz Kaczmarczyk, wykonawcy: dr inż. Joanna Czarzasta, dr Anna Nitkiewicz).
2024: Zadanie nr 1 w ramach dotacji celowej nr RYB.rs.070.3.2024 pt. „Oszacowanie zmienności genetycznej wybranych stad i populacji lina z różnych rejonów Polski” (kierownik: dr hab. inż. Dariusz Kaczmarczyk, wykonawcy: dr inż. Joanna Czarzasta, dr Anna Nitkiewicz).
2021-2026: projekt nr: 00061-6521.5-OR14000001/20/21 pn. „Ochrona zasobów genetycznych hodowlanych i cennych środowiskowo ryb słodkowodnych i dwuśrodowiskowych” (kierownik: dr hab. inż. Dariusz Kaczmarczyk (od 2022), wykonawcy: dr inż. Joanna Czarzasta, dr Anna Nitkiewicz).
2023: projekt nr 00004-6521.1-OR1400002/22/23 pn. „Innowacyjne metody poprawy jakości biologicznej i stanu zdrowotnego cennych gatunków ryb słodkowodnych, intensywnie żywionych paszami przemysłowymi w systemach recyrkulacyjnych, z wykorzystaniem nowatorskich technik suplementacji paszy niekonwencjonalnymi dodatkami z uwzględnieniem potrzeb i potencjału polskiej akwakultury, jej zasobooszczędności i konkurencyjności – IMMUNOVICTU”. Projekt współfinansowany przez Unię Europejską ze środków Europejskiego Funduszu Morskiego i Rybackiego w ramach Programu Operacyjnego “Rybactwo i Morze” na lata 2014-2020, Priorytet 2 – Wspieranie akwakultury zrównoważonej środowiskowo, zasobooszczędnej, innowacyjnej, konkurencyjnej i opartej na wiedzy; działania 2.1 “Innowacje”; (wykonawcy: dr Justyna Sikorska, dr hab. inż. Rafał Kamiński, prof. dr hab. Jacek Wolnicki).
2023: projekt nr 00001-6521.1-OR700001/17/20 pn. „Innowacyjne metody intensyfikacji produkcji ryb w stawach, polegające na optymalizacji wykorzystania istniejącej powierzchni hodowlanej i zastosowaniu nowatorskich rozwiązań technologicznych, umożliwiających chów perspektywicznych gatunków ryb (łososiowatych, drapieżnych, jesiotrowatych) przy jednoczesnym zachowaniu ekologicznych walorów stawów i ekonomiczno-społecznym wzmocnieniu polskiej akwakultury – STAWPROPLUS”. Projekt współfinansowany przez Unię Europejską ze środków Europejskiego Funduszu Morskiego i Rybackiego w ramach Programu Operacyjnego “Rybactwo i Morze” na lata 2014-2020, Priorytetu 2 – Wspieranie akwakultury zrównoważonej środowiskowo,
zasobooszczędnej, innowacyjnej, konkurencyjnej i opartej na wiedzy, działania “Innowacje” (wykonawcy: mgr Natalia Jędroszka, prof. dr hab. Jacek Wolnicki).
2021-2023: projekt nr 00003-6521.1-OR1400001/20/21 pn. „Zarybienia oparte na wiedzy – opracowanie procedur zarybieniowych w oparciu o badania molekularne poprzez utworzenie zaplecza laboratoryjnego, prowadzenie analiz molekularnych na potrzeby budowy baz genetycznych populacji troci wędrownych i łososi, ocena obecności migrantów i badanie efektywności zarybień na podstawie analizy rodzinowej” (wykonawca: dr hab. inż. Dariusz Kaczmarczyk).
2020-2023: Program Doradztwa Rybackiego pn. „Rozradzanie, wylęgarnictwo, podchów ryb i zarybianie. Nr Umowy: 00002-6521.2-OR1400003/18/20. Operacja współfinansowana przez Unię Europejską ze środków finansowych Europejskiego Funduszu Morskiego i Rybackiego w ramach Programu Operacyjnego „Rybactwo i Morze” na lata 2014-2020, Priorytet 2 „Wspieranie akwakultury zrównoważonej środowisko, zasobooszczędnej, innowacyjnej, konkurencyjnej i opartej na wiedzy”, w zakresie działania: 2.2 „Usługi z zakresu zarządzania, zastępstw i doradztwa dla gospodarstw akwakultury” (wykonawcy: dr Justyna Sikorska, dr hab. inż. Rafał Kamiński, prof. dr hab. Jacek Wolnicki).
2015-2018: projekt badawczy NCN nr 2014/15/B/NZ9/05240 pt. „Zastosowanie technik biologii molekularnej i kriokonserwacji nasienia oraz technik bioinformatycznych w tworzeniu banku genów zagrożonego gatunku ryby, strzebli błotnej (Eupallasella percnurus)” (kierownik: prof. dr hab. Jacek Wolnicki; wykonawcy: dr inż. Dariusz Kaczmarczyk, dr inż. Rafał Kamiński, dr Justyna Sikorska).
2012-2015: projekt badawczy NCN nr 2011/03/B/NZ8/02093 pt. „Eksploatacja agregacji zooplanktonu a dostosowanie u ryb strefy umiarkowanej i tropikalnej w aspekcie globalnego ocieplenia” (projekt Uniwersytetu Warszawskiego; wykonawca z ZRS: prof. dr hab. Jacek Wolnicki).
2011-2014: projekt badawczy NCN nr DEC-2011/01/D/NZ9/00254 pt. „Opracowanie metod utrzymywania w warunkach kontrolowanych i wykorzystywania do rozrodu stada podstawowego strzebli błotnej Eupallasella percnurus oraz kriokonserwowania jej nasienia do celów czynnej ochrony gatunku” (kierownik: dr Justyna Sikorska; wykonawcy: prof. dr hab. Jacek Wolnicki, dr inż. Rafał Kamiński).
2004-2022: Program Badań Statystycznych Statystyki Publicznej pt. „Zestawienie dotyczące powierzchni stawów rybnych oraz ilości ryb wyprodukowanych w stawach rybnych i innych urządzeniach służących do chowu lub hodowli w roku…..” (wykonawcy: dr inż. Andrzej Lirski, dr Leszek Myszkowski, st. technik Jadwiga Zbrojkiewicz).
2002-2015: projekt Regionalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska w Warszawie pt. „Ochrona populacji strzebli błotnej Eupallasella percnurus (Pallas, 1814) na obszarze Mazowsza” (kierownik: prof. dr hab. Jacek Wolnicki; wykonawcy: dr inż. Rafał Kamiński, dr Justyna Sikorska).