Tematyka badawcza zakładu:
- Doskonalenie chowu i hodowli ryb jesiotrowatych
- Restytucja jesiotra bałtyckiego
- Rozród naturalny ryb
- Relacje troficzne w litoralu jezior
- Wpływ zmian warunków naturalnych na populacje ryb
- Podchów narybku węgorza w warunkach kontrolowanych
- Kształtowanie się cech i struktur populacji węgorza żyjących w warunkach naturalnych
- Badania procesów fizycznych, chemicznych i biologicznych warunkujących produktywność ekosystemów wodnych oraz aplikacja wyników badań w gospodarce rybackiej i akwakulturze.
- Badania hydrobiologiczne jezior zarybianych rybami roślinożernymi, dystroficznych, mezotroficznych i eutroficznych Mazur i Suwalszczyzny, włączonych w systemy chłodzenia elektrowni.
- Waloryzacja ekologiczna i biologiczna ekosystemów wodnych obszarów chronionych.
- Fitoplankton jako wskaźnik oceny stanu ekologicznego wód powierzchniowych.
- Ocena globalnych zmian środowiska i różnorodności biologicznej ekosystemów wodnych, wynikających z eutrofizacji wód, przemian klimatu i antropopresji.
- Ocena wpływu akwakultury na ekosystemy wodne.
- Rozprzestrzenianie się obcych i inwazyjnych gatunków roślin i zwierząt w wodach śródlądowych.